Desde 2000, os Scalabrinianos têm se dedicado ao trabalho com migrantes e à colaboração com a Igreja peruana, com foco na promoção dos direitos e dignidade das populações vulneráveis.

A presença Scalabriniana no Peru teve início após um processo de negociação iniciado em 1999, quando a Congregação iniciou diálogos com líderes eclesiásticos locais. O primeiro passo foi dado com uma visita ao país, em que foram definidos os objetivos e as áreas de atuação. A abertura da missão no país foi uma resposta ao pedido do Capítulo Geral da Congregação para a América Latina. Sendo assim, foram enviados os Padres Isaldo Antônio Bettin, CS, e Marcos Mario Bubniak, CS.

Entre os primeiros desafios estavam a assunção da Paróquia Nossa Senhora do Perpétuo Socorro, a Pastoral Migratória da Diocese de Callao e o trabalho com a Comissão Católica Peruana para a Migração. Além disso, a Congregação se comprometeu com a promoção vocacional e a animação de seminaristas locais.

Nos primeiros meses, os Missionários viveram na casa das irmãs Lauritas, e o primeiro encontro com a comunidade da Paróquia aconteceu no dia 19 de março de 2000. A paróquia se tornou um ponto de referência para o trabalho pastoral com os migrantes, e foi criada uma Casa de Formação para vocações nacionais.

Com o tempo, a Missão no Peru se expandiu para outras áreas, incluindo a colaboração com a Conferência Episcopal Peruana e a abertura de casas de acolhida para migrantes. Em 2019, a Paróquia Nossa Senhora do Perpétuo Socorro foi entregue à Diocese, e a Congregação assumiu a Paróquia Jesús Nazareno, em Lima, com o Pe. Nivaldo Feliciano Silva, CS como primeiro Pároco Scalabriniano.

Hoje, a missão continua com o foco no acolhimento e apoio aos migrantes, com destaque para a Casa de Acolhida São João Batista Scalabrini, em Lima, e a Capela Santa Rosa de Lima, em Tacna. A Congregação celebra os 25 anos de trabalho e reafirma seu compromisso com os migrantes e a Igreja no Peru.