Os Scalabrinianos abriram a missão em Manaus, assumindo a Paróquia São Geraldo, no final de 2008. A posse do pároco aconteceu no dia 04 de janeiro de 2009. A presença da Congregação mostrou-se providencial, a julgar pelos dois amplos movimentos de imigrantes na região, os haitianos, primeiro, e os venezuelanos, depois. A chegada massiva dos haitianos obrigou a abertura de casas que pudessem acolher os migrantes, uma vez que muitos dormiam até mesmo no pátio da Paróquia. Os Scalabrinianos começaram alugando casas para acomodar os imigrantes, que eram sempre insuficientes. Movimentaram a Igreja de Manaus, que respondeu com acolhidas aos haitianos em suas paróquias. Em 2021, em 23 de março, foi inaugurada a Casa de Acolhida São João Batista Scalabrini.