A presença dos Missionários de São Carlos – Scalabrinianos no Paraguai teve início em maio de 1974, com a chegada do Pe. Beniamino Basso, CS à localidade de Santa Teresa. Enviado pela então Província São Pedro, ele foi o primeiro Missionário Scalabriniano no país, marcando o começo de uma missão dedicada ao serviço pastoral e ao acolhimento dos migrantes. 

Dois anos depois, em 13 de junho de 1976, foi criada a Paróquia Santa Rosa de Lima, em Santa Rosa del Monday, pelo Bispo Dom Agustín Van Haken. Esta foi a primeira paróquia oficialmente assumida pela Congregação no Paraguai, tendo como primeiro Pároco o Pe. Florindo Guiggi. A partir daí, a presença Scalabriniana se expandiu para diversas regiões, com a abertura de novas missões, paróquias, centros pastorais e casas de formação. 

Entre os locais atendidos pelos Scalabrinianos ao longo dos anos estão Santa Teresa, Los Cedrales, Naranjal, Katueté, Santa Rita, Encarnación, Nueva Esperanza, e especialmente Ciudad del Este e Assunção, onde a atuação missionária incluiu desde o trabalho paroquial até a criação de seminário, centros de acolhida e capelanias voltadas ao cuidado dos migrantes. Algumas dessas missões foram posteriormente entregues às dioceses locais, conforme o desenvolvimento das comunidades.