A ideia de criar um Centro Missionário, para ser um ponto de referência e de ajuda para as missões no Paraguai, além de marcar uma presença mais Scalabriniana na Diocese de Ciudad del Este, foi fruto de muitas reflexões dos religiosos no Paraguai. Quando a construção da nova sede do Seminário Menor começou, em fevereiro de 1991, uma parte da construção foi reservada para o Centro Missionário Pe. Luigi Valtulini. O Centro começo a funcionar, de fato, em 1997. O nome do Centro é uma homenagem ao Pe. Luigi, falecido num acidente automobilístico, no Paraguai, em 29 de setembro de 1989.