Com o objetivo de prestar atendimento aos migrantes estrangeiros na grande Florianópolis e no litoral catarinense e estar presente no Setor Migrações do Regional Sul 4 da Conferência Nacional dos Bispos do Brasil (CNBB), os Missionários Scalabrinianos assumiram esta paróquia em 25 de agosto de 1996, quando tomou posse o pároco Pe. Guerino Piccini. O primeiro vigário paroquial chegou em fevereiro de 1997, Pe. Achille Zanon, possibilitando ao pároco assumir mais as atividades de pastoral migratória. Em julho de 2002, os Scalabrinianos devolvem os cuidados pastorais desta paróquia para a arquidiocese e continuam dando assistência à pastoral do migrante desde Porto Alegre, RS. Em 2011, os Scalabrinianos voltaram a Florianópolis, primeiro residindo junto aos padres diocesanos na catedral, depois reassumindo a Paróquia Santa Teresinha, na Prainha. Em outubro de 2019, foi inaugurada a Casa do Migrante Scalabrini.