Já em 1886 o sacerdote italiano Pedro Colbachini atendia esta colônia de italianos. Ao se inteirar da congregação fundada por Dom Scalabrini, entrou em contato com o bispo pedindo missionários e ele mesmo se ofereceu para fazer parte do novo Instituto. Naquele mesmo ano é inaugurado o Cemitério de Santa Felicidade (tombado pelo setor do Patrimônio Histórico e Artístico do Estado do Paraná, em 1977). Aos 08 de agosto de 1888 chegaram os primeiros Missionários de São Carlos, Pe. Domenico Mantese e Pe. Guiseppe Molinari. Em 1889, o Pe. Pedro Colbachini transferiu-se para Santa Felicidade. No Natal de 1891, a nova igreja foi abençoada. Em novembro de 1895 foi criada a Capelania Curada para os imigrantes italianos com sede em Santa Felicidade. Além do Pe. Colbachini, animaram a Capelania os padres Francisco Brescianini, José Martini e Pedro Rigo. Em 08 de dezembro de 1900 foi inaugurada a Escola Paroquial de Santa Felicidade, confiada às Irmãs do Sagrado Coração de Jesus (atual Colégio Imaculada Conceição).

Somente em 1937 foi criada canonicamente a Paróquia São José, sendo o primeiro pároco, o Pe. Pedro Rigo. No ano de 1980, foi criado o Centro Pastoral do Migrante (CPM) por iniciativa do Pe. Armelindo Costa, que, em 2013, passou a ser denominado Centro de Atendimento ao Migrante (CEAMIG) e seu primeiro diretor foi o Pe. Mário Geremia. Em 2013, a paróquia passou a ser denominada São José e Santa Felicidade.