Em março de 2006, o Pe. Alfredo Gonçalves, CS foi nomeado coordenador da Pastoral dos Migrantes no projeto interprovincial Foz do Iguaçu-Ciudad del Este, além de ser designado Pároco da Paróquia Pessoal Nossa Senhora da Paz. Inicialmente, a Paróquia teve sua sede no Seminário Nossa Senhora de Caacupé, localizado no bairro Pablo Rojas. Com o tempo, a sede foi transferida para a Paróquia Virgem do Rosário e, posteriormente, para a Paróquia da Área 2, San Ignacio de Loyola. Em 4 de agosto de 2024, atendendo a uma solicitação da Congregação Scalabriniana, Dom Pedro Collar, Bispo Diocesano, transferiu a sede da paróquia para o Seminário Nuestra Señora de Caacupé e, simultaneamente, alterou o nome da paróquia para Parroquia Personal San Juan Bautista Scalabrini, em homenagem ao fundador da Congregação.