O Seminário Nuestra Señora de Caacupé iniciou suas atividades num prédio de madeira, ao lado da casa paroquial da Paróquia Virgen del Rosario, sendo inaugurado em 24 de abril de 1988. Em fevereiro de 1991 foi iniciada a construção do seu local atual, onde também funciona o Centro Misionero P. Luigi Valtulini. Este seminário continua sendo uma casa formativa importante, assim como um centro de referência missionária Scalabriniana no Paraguai.