Os Missionários de São Carlos – Scalabrinianos chegaram ao Paraguai em 1974, acompanhando migrantes brasileiros que buscavam naquele país uma vida menos difícil. A primeira missão que assumiram foi em Santa Teresa.

Após estabelecer-se por meio de algumas paróquias, a Congregação precebeu a necessidade de oferecer uma casa adequada para a formação de muitos jovens, filhos de migrantes brasileiros e paraguaios, com inquietações vocacionais. A primeira casa de formação foi aberta em Santa Rosa del Monday, em 1983, ao lado da paróquia, recebendo o nome de Casa Apostólica Scalabrini. O primeiro formador foi o Pe. Albino Matei e, como assistente, o Pe. Roberto Gaspareto.

Para dar continuidade à formação dos seminaristas, os Scalabrinianos solicitaram ao Bispo Dom Agustín Van Haaken a permissão de abrir uma casa de formação em Ciudad del Este. O Bispo aceitou e pediu que assumissem também o atendimento espiritual do bairro Pablo Rojas.

Assim, em 03 de março de 1988, o Pe. Giuseppe Corradin e o Pe. Alessandro Ruffinoni tomaram posse, respectivamente, da recém-criada Vicaria Nossa Senhora do Rosário e do Seminário Nossa Senhora de Caacupé. A comunidade foi completada com cinco seminaristas provenientes do Seminário de Santa Rosa del Monday.

O Seminário Nuestra Señora de Caacupé, de Ciudad del Este, foi inaugurado oficialmente em 24 de abril de 1988 pelo bispo Dom Agustín Van Haaken.

A comunidade permaneceu na antiga e provisória casa até julho de 1992, quando se transferiu para o novo Seminário, construído no terreno adquirido pela Congregação no mesmo bairro Pablo Rojas. A inauguração oficial do novo prédio ocorreu no dia da padroeira, 08 de dezembro de 1992.

A construção da nova sede do Seminário, iniciada em fevereiro de 1991, já previa, no projeto do edifício, uma parte destinada ao Centro Missionário Pe. Luigi Valtulini. Com esse nome, quis-se homenagear o missionário falecido tragicamente em um acidente automobilístico, no Paraguai, em 29 de setembro de 1989.

Atualmente, o Seminário Nossa Senhora de Caacupé, após 35 anos de história, mantém a sua finalidade de formar futuros missionários, além de ser sediar o Centro Missionário e a Paróquia Pessoal do Migrante São João Batista Scalabrini, tornando-se, assim, um centro de irradiação pastoral e referência missionária Scalabriniana no Paraguai.