A presença permanente dos Missionários de São Carlos – Scalabrinianos na Argentina teve início em 1940. Apesar da criação de diversas comunidades paroquiais, escolas e missões, faltava um seminário para a formação dos candidatos à vida religiosa.

As primeiras tentativas de fundar um seminário scalabriniano na Argentina remontam a 1952. No final daquele ano, o Pe. Tondelli propôs iniciar a formação com dois estudantes do ensino médio e cinco do primeiro ano do ginásio, que residiriam em Sáenz Peña e frequentariam as aulas no Seminário de Devoto, com o apoio do Cardeal Copello e do reitor. No entanto, a Direção Geral não autorizou a iniciativa.

Em março de 1953, três aspirantes — dois italianos e um argentino — começaram a estudar na Escola Agrícola de Baradero, mas a experiência também foi breve. Novos projetos surgiram em 1958, em Pergamino, e em 1963, em La Plata, sem resultados concretos. Finalmente, em 9 de maio de 1964, foi adquirido um terreno de cinco hectares em Merlo, na periferia de Buenos Aires, na diocese de Morón, com uma casa que foi adaptada para seminário.

O Seminário São José iniciou suas atividades em 8 de março de 1965, acolhendo seis seminaristas — dois argentinos, dois chilenos e dois uruguaios — sob a direção do Pe. Fabio Baù, seu primeiro reitor. Para os estudos, os seminaristas frequentavam o colégio franciscano de Paso del Rey. A inauguração oficial ocorreu em 1º de junho de 1965, com a bênção das instalações por Dom Carlos Carreras.

Em 1966 começaram as obras do novo edifício, cuja primeira parte foi inaugurada em 1º de junho de 1967, com capacidade para 19 seminaristas e dois clérigos vindos do Brasil. Em 1968 foram realizadas as obras de conclusão e, em 1973, a ampliação. A direção do seminário esteve a cargo do Pe. Edoardo De Gaudenzi (1967–1968), do Pe. Giovanni B. Baggio (1968–1970) e, a partir de 2 de janeiro de 1971, do Pe. Stefano Tedesco.

No ano letivo de 1971, além de 18 seminaristas entre 12 e 17 anos, havia quatro clérigos, três dos quais cursavam teologia na Universidade “Máximo”. Em fevereiro de 1972, foi autorizada, em caráter experimental, a criação de uma comunidade filosófico-teológica, que iniciou suas atividades no mês seguinte com seis clérigos do Brasil e um seminarista ítalo-uruguaio, todos frequentando o Colégio Máximo dos Jesuítas, em San Miguel.

Essa comunidade foi suspensa no final de 1974, devido à redução do número de membros após ordenações sacerdotais e à falta de novos candidatos provenientes do seminário. Permaneceram apenas os alunos do seminário menor, cerca de quarenta em 1975.

Em março de 1977, a Direção Geral autorizou a reabertura da comunidade filosófico-teológica, com três estudantes religiosos e dois candidatos ao noviciado. O Pe. Stefano Tedesco continuou como reitor, com o Pe. Telmo Balbinot como vice-reitor e o Ir. Eugenio Fagher como ecônomo. A partir de 1978, os estudantes de filosofia e teologia passaram a frequentar a Universidade do Salvador, em San Miguel, enquanto os demais seminaristas estudavam no Seminário Salesiano de Ramos Mejía. Nos anos de 1980 e 2000 foram formadores Pe. Antonio Guidolin, Pe. Dalla Valeria, Pe. Milán, Pe. Julio Rubin, Pe. Zanetti, acompanhados pelo Pe. Bernardi.

O Seminário Teológico produziu diversas publicações, especialmente relacionadas à espiritualidade do Fundador e da Congregação. No próprio seminário, desde os anos 1970, funcionou um grupo animador da juventude scalabriniana, como a JUS, e, nos anos posteriores, a Pastoral Juvenil Missionária Scalabriniana, que publica um encarte na revista “Missões e Migrantes”.

Ao longo de sua história, o Seminário São José passou por diversas etapas até tornar-se definitivamente Seminário Teológico Internacional, acolhendo estudantes de diferentes países. Suas atividades formativas foram encerradas em 2011. Em 2012, surgiu no mesmo local a Casa São João Batista Scalabrini, um centro de espiritualidade que, sem perder a dimensão formativa, oferece aos leigos um espaço de encontro, reflexão e oração, em ambiente acolhedor e tranquilo.