A missão dos Missionários de São Carlos – Scalabrinianos na Bolívia teve início em 1999, com a chegada dos Padres Luciano Dalla Valeria, CS e Alejandro Ruiz, CS à cidade de La Paz. Enviados com o objetivo de responder ao crescente desafio da mobilidade humana no país, os missionários iniciaram seu trabalho junto à população migrante e às comunidades locais, em comunhão com a Igreja boliviana. Naquele mesmo ano, foi assumida a Paróquia Señor de la Paz, com Pe. Luciano como primeiro pároco, enquanto Pe. Alejandro assumia a função de delegado diocesano para a Pastoral da Migração. 

Desde o início, os Scalabrinianos se envolveram ativamente na criação de espaços de acolhida e promoção humana para migrantes e refugiados. Um marco importante foi a inauguração, em 28 de novembro de 2004, da Casa do Migrante “Señor de La Paz”, em La Paz, um espaço dedicado a oferecer apoio, orientação e abrigo digno às pessoas em situação de mobilidade. O projeto tornou-se referência no país e reforçou a identidade da congregação como promotora da justiça e da hospitalidade cristã. 

Além da Casa do Migrante, a congregação atuou junto à Comissão Nacional da Pastoral da Mobilidade Humana, entre 1999 e 2018, colaborando na articulação nacional da Igreja em prol dos migrantes, refugiados e deslocados internos. Em 2016, foi inaugurada mais uma obra de acolhida: a Casa del Migrante Madre del Refugio, também em La Paz, fortalecendo ainda mais a rede de apoio da congregação no país.