A presença dos Missionários de São Carlos – Scalabrinianos no Chile remonta a 1952. Inicialmente, estabeleceram-se na pequena capela de São Carlos, em La Reina, onde iniciaram atividades pastorais e educacionais, incluindo a construção de uma escola. Em 1954, o arcebispo de Santiago aprovou a fundação da Missão Católica Italiana e confiou-a aos scalabrinianos. Os missionários então se instalaram na igreja de Las Agustinas e, posteriormente, na nova igreja de Nossa Senhora da Pompeia, que passou a ser tanto paróquia territorial quanto paróquia pessoal dos italianos residentes na região.​ 

Em 1960, foi oficialmente criada a Paróquia Pessoal para os Italianos e a Paróquia Territorial para os fiéis chilenos. Na década de 1970, a paróquia iniciou a circulação do jornal quinzenal italiano “Presenza”, que ainda está em circulação. Além disso, surgiram o “Grupo Escoteiro Pompeia” e uma creche paroquial. Nas instalações da paróquia, passou a funcionar também o Instituto Católico Chileno de Migrações (INCAMI), organismo da Conferência Episcopal do Chile, com um Scalabriniano atuando como secretário executivo. A crescente imigração latino-americana levou à criação da Paróquia Pessoal Latinoamericana em 2003, também sob responsabilidade dos missionários scalabrinianos.​  

Em 2003, a Arquidiocese de Santiago criou a Paróquia Pessoal Latinoamericana, atendida pelos missionários scalabrinianos. Além disso, foi estabelecido o Departamento Arquidiocesano para as Migrações, que passou a funcionar nas instalações da paróquia, com um Scalabriniano como responsável. Também foi criado o Centro Integrado de Atenção ao Migrante (CIAMI), que administra a Casa do Migrante e oferece diversos serviços de apoio aos migrantes. A atuação dos Scalabrinianos em Santiago é um exemplo de resposta pastoral e social às necessidades dos migrantes, alinhada ao carisma de São João Batista Scalabrini.​