A presença dos Missionários de São Carlos no Brasil começou de forma distinta em comparação aos Estados Unidos. Enquanto nos EUA as missões se concentraram nas zonas de maior número de migrantes italianos, no Brasil fatores circunstanciais determinaram as primeiras áreas de atuação. Em agosto de 1888, dos primeiros missionários que chegaram, quatro foram enviados ao Espírito Santo, onde o Padre Marcellino Moroni já havia trabalhado, enquanto dois se uniram ao Padre Pietro Colbacchini, que desde 1884 atuava em Curitiba, Paraná. O verdadeiro pioneiro da Missão Scalabriniana em solo nacional foi o Pe. Colbacchini, que ao chegar, instalou-se em Água Verde, subúrbio da capital paranaense, para prestar assistência religiosa aos colonos italianos. Seu projeto previa a criação de uma “casa central” como base para missões volantes, modelo que se consolidaria também em São Paulo anos depois, através do Pe. José Marchetti e seus sucessores. 

Pe. Colbacchini enfrentou dificuldades políticas e eclesiais, o que o obrigou a retornar à Itália em 1890. Ainda assim, o trabalho Scalabriniano prosseguiu, especialmente com o reforço dos Padres Faustino Consoni e Francesco Brescianini em 1895. A partir daí, a atuação se expandiu para outras regiões. No Rio Grande do Sul, onde desde 1875 a migração italiana era intensa, os Scalabrinianos começaram a trabalhar em 1896, a convite do bispo de Porto Alegre — um convite raro, pois em muitos lugares do Brasil os missionários enfrentaram resistência inicial por parte do clero local. 

Em São Paulo, o jovem Pe. Marchetti teve papel decisivo. Chegou à capital em janeiro de 1895 e fundou o Orfanato Cristóvão Colombo (atual Instituto Cristóvão Colombo) para acolher órfãos de migrantes. Para sustentar o Orfanato, organizava visitas missionárias às fazendas de café, onde muitos italianos trabalhavam em condições difíceis. Durante essas visitas, além de oferecer assistência religiosa, pedia apoio financeiro aos colonos para manter o espaço. Esse modelo de ação missionária itinerante, caracterizou a presença Scalabriniana no estado durante as primeiras décadas, criando raízes que dariam origem a Paróquias. 

A primeira paróquia fundada pelos Scalabrinianos no interior paulista foi a de Nossa Senhora da Boa Viagem e São Bernardo, em São Bernardo do Campo, São Paulo, com convênio firmado pelo próprio fundador, Dom João Batista Scalabrini, durante sua visita ao Brasil em 1904. Com o crescimento da missão, os Scalabrinianos também assumiram Igrejas importantes. Em 1908, foi confiada à Congregação a Igreja de Santo Antônio (localizada na Praça do Patriarca, no centro de São Paulo), que se tornou um dos principais polos religiosos da colônia italiana. Desde 1938, a “Associação Nossa Senhora da Paz” estabeleceu sua sede na Igreja de Santo Antônio, onde ficou até a data da sua transferência para a nova Igreja e Paróquia Nossa Senhora da Paz. Dois anos antes, o Arcebispo de São Paulo havia dado autorização à Congregação para que abrisse, na Rua do Glicério, uma residência religiosa, “com a finalidade de organizar a assistência religiosa em favor da colônia italiana de São Paulo”. Em 1940 foi erigida a Paróquia, que começou a funcionar numa Capela provisória. 

Ao longo do século XX, a Congregação acompanhou as novas dinâmicas migratórias no Brasil. No Paraná, nas décadas de 1950 e 1960, os Missionários expandiram sua presença para o Norte do Estado, acompanhando a migração interna, enquanto em São Paulo e no Pará passaram a atuar em comunidades formadas por trabalhadores migrantes e pequenos agricultores. 

Atualmente, os Missionários de São Carlos seguem comprometidos em sua missão de acolher, proteger, promover e integrar os migrantes e refugiados, de acordo com o carisma de São João Batista Scalabrini. Atuando em Paróquias, Centros de Apoio a Migrantes, trabalhos sociais, seminários e comunidades missionárias, os Scalabrinianos respondem aos novos rostos da migração contemporânea: migrantes climáticos, refugiados e vítimas de tráfico humano. Com presença em diversos estados brasileiros e em parcerias com organismos civis, a Congregação renova diariamente seu compromisso evangelizador com os migrantes, em fidelidade ao chamado de “ser migrante com os migrantes” no mundo em constante mobilidade humana.